El Crossfit es el antónimo del entrenamiento funcional. Si bien es cierto que el entrenamiento de Crossfit se basa también en movimientos y en muchas ocasiones trabaja cadenas musculares, uno de los objetivos principales del EF es prevenir las lesiones (prehabilitación) y una de las consecuencias más comunes del CF es producir lesiones. La razón de lo anterior es simple: en EF puedes modificar una progresión sobre bases distintas, por ejemplo, aumentar la velocidad, el brazo de palanca, la base de sustentación, etc. Solo en último término se usa el aumento de peso y por regla general, para el trabajo de hipertrofia y fuerza, complementada luego con una descarga funcional. El CF, en cambio, se basa en entrenamiento con peso, mucho más de lo recomendado para la persona específica, por regla general, y viola ciertos principios básicos del EF, como no aplicar grandes pesos con bases inestables.

De esta manera, podemos ver súper abuelos formados gracias a una buena base de EF, al igual que deportistas de élite y, por otro lado, deportistas muy desarrollados muscularmente, pero funcionalmente inhabilitados para la práctica de cualquier deporte o actividad como consecuencia del CF.